امام هادی علیه السلام هنگام شهادت امام جواد علیه السلام و بعد از آن در مدینه حضور داشتند تا اینکه متوکل عباسی آن حضرت را به سامراء منتقل کرد.

شیخ مفید(ره) سبب انتقال امام هادی علیه السلام به سامراء را اینگونه بیان می کند:

دلیل احضار حضرت ابوالحسن امام هادی علیه السلام به سامرا این بود: عبد اللَّه بن محمد که در مدینه منوره امور جنگى و امامت جماعت را بر عهده داشت از امام هادی علیه السلام به متوكل شكایت و از ایشان بدگویی کرد و منظورش هم از این کار رساندن آزارى به آن حضرت بود.

امام هادی علیه السلام از بدگویی او با خبر شده نامه ای به متوكل مرقوم فرمود به این مضمون:

«نفس سركش عبداللَّه او را بر این داشته كه از من بدگویی کند و آنچه نوشته همگی دروغ است».

متوكل پس از قرائت نامه امام علیه السلام ، عریضه ای تقدیم داشت و آن حضرت را با بهترین طرز ممکن به سامرا دعوت کرد.

این نامه كه به حضرت ابو الحسن امام هادی علیه السلام رسید اسباب سفر مهیا كرده به همراه یحیى بن هرثمه (فرستاده متوکل) به سمت سامرا عزیمت فرمود. وقتی حضرت وارد شهر سامرا شدند متوكل كه خود، نامه دعوت برای امام علیه السلام فرستاده بود به جاى اینكه به استقبال بیاید و سر راه آن جناب قربانى کند به یاد مهمان نوازی كوفیان افتاد و روز ورود آن حضرت خود را مخفى ساخت. امام علیه السلام به ناچار در كاروانسرایى كه محل بى ‏كسان بود و «خان الصعالیك» نامیده مى‏شد رحل اقامت افکندند و یك روز در آنجا به سر بردند.

متوكل روز بعد شرمنده شده دستور داد تا منزلى براى آن حضرت محیا كردند و حضرت به آنجا تشریف برد.[1]

مدتى كه امام هادی علیه السلام در سامرا به سر می برد ظاهرا نگرانى نداشت و با احترام زندگی می کرد؛ اما این ظاهر کار بود چرا که در باطن کار، متوکل در تلاش بود تا شاید بتواند حیله ای کند و آن حضرت را از بین ببرد. ولی تا زنده بود به مقصود خود نائل نشد.